Forklart: B.1.617-varianten og Covid-19-bølgen i India

Genomsekvenseringsdata har presentert bevis på 'dobbelmutanten' i 61% av prøvene i Maharashtra. Men hvorvidt denne nye varianten driver Indias pågående bølge kan bare sies etter at mer data er tilgjengelig.

Helsepersonell forbereder senger ved Shehnai Banketthall i New Delhi, som er omgjort til en midlertidig avdeling for Covid-9-pasienter. (Ekspressfoto: Amit Mehra)

Under et møte med distriktslaboratorier i Maharashtra forrige uke delte National Institute of Virology (NIV) begrensede data som viser en oppdeling av 361 genomsekvenserte prøver samlet inn mellom januar og mars i år.

Overskriftfunnet fra analysen : tilstedeværelsen av en dobbel mutasjon ble påvist i 220 — nesten 61 prosent — av prøvene. Denne doble varianten ble i forrige uke klassifisert som B.1.617-varianten.

Nyhetsbrev| Klikk for å få dagens beste forklaringer i innboksen din

Hva er B.1.617?

B.1.617-varianten av SARS-CoV-2 bærer to mutasjoner, E484Q og L452R. Begge finnes separat i mange andre koronavirusvarianter, men de er rapportert sammen for første gang i India.

De to mutasjonene finnes i virusets piggprotein. Spikeproteinet hjelper viruset til å binde seg til den menneskelige cellens reseptorer og få innpass i en vertscelle.

E484Q-mutasjonen ligner på E484K, en mutasjon som finnes i varianter av koronaviruset i Storbritannia (avstamning B.1.1.7) og Sør-Afrika (B.1.351).

L452R-mutasjonen er funnet i hurtigspredningsvarianter i California (B.1.427 og B.1.429). Det kan øke bindingskraften til piggproteiner med ACE2-reseptorer på menneskelige celler, noe som gjør det mer overførbart. L452R kan også potensielt forbedre viral replikasjon.

Sammen er E484Q og L452R mer smittsomme, og kan unngå antistoffer.

Hvor er B.1.617 funnet?

Det er begrenset med data. Det ble først rapportert fra Maharashtra. I januar ble 19 prøver fra ulike distrikter sekvensert, og B.1.617 ble funnet i fire. I februar ble 234 prøver sekvensert fra 18 distrikter, og 151 prøver - fra minst 16 distrikter - hadde denne varianten. Og i mars hadde hele 65 av 94 prøver det.

Så langt har distriktene Amravati, Nagpur, Akola, Wardha, Pune, Thane, Aurangabad og Chandrapur presentert sterke bevis på tilstedeværelsen av B.1.617. Færre prøver ble sekvensert i andre distrikter, og varianten ble funnet i noen. Sekvensering avventer for flere prøver.

BLI MED NÅ :Express Explained Telegram Channel

Er denne varianten mer virulent?

Det er ingen bevis så langt. De fleste pasienter kan klare seg med hjemmeisolasjon, selv om klinisk erfaring må kombineres med genomsekvenseringsdata for å generere vitenskapelig bevis. Kliniske anekdoter fra leger antyder at varianten sprer seg raskere, er mer smittsom, kan infisere hele familier, men er mindre virulent og forårsaker ikke dramatisk flere sykehusinnleggelser.

De fleste pasienter er asymptomatiske og det er en god indikasjon. Men i absolutte tall har så mange tilfeller lagt en byrde på helseinfrastrukturen, sa Dr Shashank Joshi, en ekspert på Maharashtra Covid Task Force.

Hvor mye har det spredt seg?

Dr Sujeet Singh, direktør for National Center for Disease Control (NCDC) har påpekt at svært få prøver fra Maharashtra har blitt sekvensert så langt, og det er for tidlig å trekke definitive konklusjoner om hvor utbredt dobbeltmutanten er. Imidlertid hadde sentralregjeringen rapportert i mars at 15-20 prosent prøver i Maharashtra hadde denne varianten; på grunnlag av de siste sekvenseringsdataene vet vi at dette tallet nå er over 60 prosent.

Klinikere og distriktsadministratorer i Maharashtra rapporterer at i motsetning til i den første bølgen, blir hele familier smittet i den andre bølgen. Dette kan tyde enten på at fysisk avstands- og isolasjonstiltak er utilstrekkelige i husholdningen, eller at viruset har blitt mer smittsomt.

noa isabel saviano

Kan B.1.617 være årsaken til den pågående økningen i Covid-19-tilfeller?

Dr Gangandeep Kang, professor i mikrobiologi ved Christian Medical College, Vellore, sa at 60,9 prosent prøver med denne varianten mest sannsynlig viste en sammenheng mellom mutasjonen og økningen - men for et nøyaktig svar, minst 1 prosent av Covid-19-prøvene må sekvenseres hver uke. Med India tester for tiden over 1 lakh tilfeller daglig, og dette vil oversettes til omtrent 1000 genomsekvenser hver dag.

Vi må også se på hvor mange mennesker en person er i stand til å infisere, og RT-PCR-syklusterskelen. Vi må spore live. Data fra januar har liten verdi i april, sa Dr Kang.

Dr Gautam Menon, professor ved Ashoka University, Sonepat, og ved Institute of Mathematical Sciences, Chennai, sa: Det vi har er tankevekkende, men vi trenger mer genomsekvenseringsdata for å forstå hvilken variant som driver antallet nye infeksjoner i forskjellige stater ... For å antyde at økningen i tilfeller skyldes denne doble mutantvarianten, bør vi ha flere tidspunkter. Hvis vi for eksempel kunne si at vi fant 30 prosent av denne varianten i prøver 30. mars, og deretter 40 prosent i prøver 14. april, vil det tyde på at den nye varianten dominerer spredningen av sykdommen.

Dr Menon understreket også behovet for større datatransparens. Det er mulig, men stadig mer usannsynlig, at sakene også kan kobles til den forrige stammen, sa han. Med mindre vi vet i hvilken grad økningen kan tilskrives den nye varianten, vil vi ikke være i stand til definitivt å fastslå om lempelser i Covid-tilpasset atferd med den eldre stammen drev økningene eller om den økte smitteevnen til den nye varianten er ansvarlig.

Prof Vinod Scaria, hovedforsker, CSIR -IGIB, var enig i at vi ikke konkluderende kan si at disse variantene driver økningen i den andre bølgen. Imidlertid tyder bevis på at i det minste i noen stater er B.1.1617-avstamningen dominerende, og kan bidra til økningen i saker, sa han. Denne avstamningen er definert av 15 genetiske varianter inkludert seks piggproteinvarianter. To av disse (E484Q og L452R) er involvert i immunflukt samt økt smitteevne, sa prof Scaria.

Kan varianten unngå vaksiner?

Igjen, dataene er begrenset. Noen mennesker har faktisk blitt smittet etter den første dosen, men det er ingen data om hvorvidt prøvene deres ble sendt for genomsekvensering.

Vi vet at den sørafrikanske varianten er mer i stand til å unnslippe immunrespons. Vi vet at den britiske varianten er den mest overførbare. Men vi vet ingenting om B.1.617 så langt, fordi vi ikke setter sammen data for å trekke konklusjoner, sa Dr. Kang.

Dr. Menon understreket at selv om vaksiner ikke forventes å forhindre infeksjon, forhindrer de absolutt alvorlig sykdom og død. Vi forventer at dette vil forbli sant selv med den nye varianten. Den eneste middels til langsiktige løsningen for å håndtere Covid-19 er at folk skal vaksinere seg.

Del Med Vennene Dine: