Forklart: Hvordan koronavirustesten (COVID-19) fungerer

Hvordan ser PCR-testen ut for viruset i vattpinneprøver? Hvor lang tid tar det? Hvor mange prøver tester India daglig, og kan det teste flere? Hvis det kan, hvorfor har det ikke oppskalert ennå?

India gjennomfører for tiden en to-trinns sanntids PCR for å teste for SARS-COV-2. (Reuters)

Hva er den diagnostiske testen for det nye koronaviruset som forårsaker COVID-19?

De Indian Council of Medical Research (ICMR) har sagt utpekte laboratorier vil bruke den konvensjonelle sanntids polymerasekjedereaksjon (PCR) testen, som utføres på vattpinne samlet fra baksiden av halsen, en væskeprøve fra nedre luftveier, eller en enkel spyttprøve. Slike tester brukes ofte ved påvisning av influensa A, influensa B og H1N1.

Hva er PCR-testen?

Den bruker en teknikk som lager kopier av et DNA-segment. 'Polymerase' refererer til enzymene som lager kopiene av DNA. 'Kjedereaksjonen' er hvordan DNA-fragmentene kopieres eksponentielt - en kopieres til to, de to kopieres til fire, og så videre. Kary Mullis, den amerikanske biokjemikeren som oppfant PCR-teknikken, ble tildelt Nobelprisen i kjemi i 1993.

Imidlertid er SARS-COV-2 et virus laget av RNA, som må omdannes til DNA. For dette inkluderer teknikken en prosess som kalles omvendt transkripsjon. Et 'revers transkriptase'-enzym konverterer RNA til DNA. Kopier av DNA blir deretter laget og amplifisert. Et fluorescerende DNA-bindende fargestoff kalt sonden viser tilstedeværelsen av viruset. Testen skiller også SARS-COV-2 fra andre virus.

Hvor lang tid tar PCR-prosessen?

Sanntids-PCR-er har redusert tiden det tar å teste prøver til 4,5 timer fra rundt 6 timer tidligere, sa ICMR-forsker Dr RR Gangakhedkar. Imidlertid er den totale behandlingstiden - fra prøvene samles inn til rapporten leveres - rundt 24 timer, og bør være mindre, sa han.

Forklart: Fem trinn for å oppdage koronaviruset

Hvordan gjøres testen i India?

India gjennomfører for tiden en to-trinns sanntids-PCR for å teste for SARS-COV-2, sa NIMHANS seniorprofessor og leder for nevrovirologi, Dr V Ravi. Det første trinnet er designet for å oppdage genetiske elementer som er felles for menneskelige koronavirus som kan eksistere i prøven. Den andre fasen er designet for å teste for spesifikke gener som kun finnes i SARS-COV-2-viruset.

Frem til begynnelsen av mars innledende screening test for å sjekke for alle typer koronavirus ble utført av alle laboratorier, men bekreftende PCR ble kun utført av National Institute of Virology i Pune. Deretter overførte NIV Pune teknologien (reagenser som kreves for bekreftelsen) til alle laboratorier slik at det ikke var behov for en prøve helt til Pune. Dette har kuttet ned på tiden det tar å teste prøvene, sa Dr Ravi.

Koronavirustesting: Falsk blod sees i reagensrør merket med koronaviruset ( COVID-19 ) i denne illustrasjonen tatt 17. mars 2020. (Reuters Illustrasjon: Dado RuvicO

Tester India nok tall?

India har kapasitet til å teste 10 000 prøver daglig, og tester for tiden rundt 600-700. Til sammenligning tester Sør-Korea, som har en lignende behandlingstid, etter sigende opptil 20 000 prøver om dagen, spesielt ved å bruke modeller som deres gjennomkjøringstestfasiliteter.

Regjeringen hevder at det ikke er nødvendig på dette stadiet å teste hver person. Landet tester kohorten som det må teste for nå, sa Dr Gangakhedkar. Hvis du går med lokalisert overføring, tester vi nok. Hvis du tror det er fellesskapsbasert overføring, er det et annet problem. Det er fortsatt ingen bevis der vi ikke vet hvordan indekssaken har fått denne infeksjonen, sa han.

Emma Chamberlain nettoverdi

Express Explained er nå på Telegram. Klikk her for å bli med i kanalen vår (@ieexplained) og hold deg oppdatert med det siste

Vi ønsker ikke å gjøre noen vilkårlig testing fordi nå ber alle om en test. Så et sted må vi rasjonalisere det ... men det er også viktig å holde et øye slik at vi ikke går glipp av samfunnsoverføring, sa ICMR-forsker Dr Nivedita Gupta under en pressebriefing forrige uke.

marvel vs dc animasjon

Hva vil være strategien hvis fellesskapsoverføring skjer?

ICMR gjennomfører en overvåking for eventuelle bevis på overføring i samfunnet, med hvert av Indias 52 testlaboratorier som tester 20 tilfeldige prøver av pasienter med alvorlig akutt luftveisinfeksjon (SARI). Det 'første snittet' av disse testene forventes å være ute på onsdag. ICMR har sagt at i tilfelle det avdekkes et tilfelle av samfunnsoverføring fra disse overvåkingstestene, vil regjeringens strategier være helt annerledes.

Coronavirus-pandemi: På et sykehus i New Delhi. (PTI-bilde/fil)

Er det barrierer for å skalere opp testing?

Kostnader er en potensiell barriere, føler noen eksperter. ICMR-tjenestemenn sa på en konferanse at kostnadene for en primær test for COVID-19 er 1500 Rs. Hvis en ny test skal utføres for å bekrefte resultatene av den første testen, er den totale kostnaden rundt 5000 Rs. En av tjenestemennene hadde også sagt at sondene som ble brukt, som er importert fra Tyskland, er en begrensende faktor.

Mens antallet testsentre er økt, har også importen av sonder skutt opp. Forrige uke ønsket India å importere rundt 200 000 sonder, mens Dr Gangakhedkar mandag sa at regjeringen planlegger å importere rundt en million.

Coronavirus-pandemi: Når skal du teste og hvem

Kan India gjøre ting annerledes?

Det India hadde begynt å gjøre er nøyaktig det som ble anbefalt for et land hvor sykdommen ble importert, ifølge Translational Health Science and Technology Institute Indias administrerende direktør, Dr Gagandeep Kang. Men testing og oppfølging av de som kommer inn i landet, og overvåking av de de har kommet i kontakt med, er en rasjonell og hensiktsmessig tilnærming dersom den eneste risikoen var å importere sykdommen, og oppfølging og testing var 100 %, hun sa.

Men det som kan skje er at med denne infeksjonen kan du bli kvitt selv før du utvikler symptomer, og i svært få har du kanskje aldri symptomer, så du kan overføre det til andre mennesker uten å vite at du er smittet, sa hun. Denne typen kompleksitet ... gjør det nødvendig å tenke på å ha en sikkerhetskopistrategi for å se om du faktisk har gått glipp av noe, sa hun. Det er mer vi kan gjøre.

Vil ICMR-overvåkingen hjelpe?

ICMRs avgjørelse er et godt skritt, men det er regioner som en slik øvelse vil utelate, sa Dr Kang. Hvis du tester prøver hver uke fra hvert influensalaboratorium, så hvis du finner én positiv, vil det fortelle deg at du har gått glipp av mye, sa hun.

I følge Dr. Kang er det mulig å bruke matematisk modellering for å forstå hva som vil gi myndighetene en rimelig sjanse til å identifisere om det allerede er noen samfunnsoverføring. Jeg tror det ville være flott å ha den typen modell som Singapore har, der enhver lege hvor som helst som hadde en klinisk mistanke, selv om den ikke passet til beskrivelsen, fikk sende pasienten sin for en test, la hun til.

– Innspill fra Kaunain Sheriff M

Del Med Vennene Dine: